帳簿上の在庫と実在庫の数量の差を把握するために、定期的に陳列されている商品や、バックヤード、物流センターの在庫の数を確認する作業のこと。

本来は帳簿と実在庫は一致しているはずだが、盗難、紛失、破損、記載ミスなどにより、一致しないことが多い。これらを確認して帳簿に再記載する。
売価ベースで記載する場合と、原価ベースで記載する場合がある。いずれにせよ、棚卸しが正確でないと、そのチェーンの粗利益高が正確に把握できないことから、棚卸しというのは小売業にとって必須で重要な作業である。

一般的には年2回、4回と決めて定期的に行うが、循環棚卸しといって毎日の業務内容に棚卸しを入れ込む方法もある。自社で行う場合と、専門業者にアウトソーシングする場合がある。