第1類医薬品以外で、その副作用などにより日常生活に支障を来す程度の健康被害が生ずるおそれがある医薬品が第2類医薬品である。この中でも特に注意を要するものを「指定第2類医薬品」と区分し、商品パッケージ上の「2」を丸や四角の枠で囲って目立つように表示している。

指定第2類医薬品は、風邪薬・解熱鎮痛薬・水虫薬・痔疾用薬などに多い。指定第2類医薬品の広告では、「使用上の注意をよく読んでお使いください」の前に「薬剤師・登録販売者に相談の上」という対面販売を勧めるメッセージが追加された。

厚生労働省は、無機薬品・有機薬品の46成分、生薬・動植物成分9種を「指定第2類医薬品」と定め、2009年6月1日の薬事法改正日から適用した。